陳奇瑜總督五省

二月，朝廷晉升陳奇瑜為延綏巡撫、兵部右侍郎，賦予他總督陝西、山西、河南、湖廣、四川五地軍務的重任。陳奇瑜根據流賊動向，靈活采取剿滅或招撫的策略。在此之前，流賊勢力已經擴散至陝西、山西、湖北、湖南和河南等多地，流動性極強，沒有固定駐地。朝廷內部討論認為，由於各地鎮守官員權限不統一，往往互相觀望不前，應當派遣一位重臣開設督府，統一指揮各路兵馬共同對抗流賊。皇帝采納了這個建議，經過集體商議，考慮到洪承疇在陝西三邊地區的重要性，不宜輕易調動，因此最終任命陳奇瑜當此重任。

李自成降叛不常

洪承疇以其卓越的軍事才能，率領曹文紹、曹變蛟、賀人龍等人，在寧塞、西安、延北、西濠、莊浪等地多次擊敗起賊寇，斬殺了包括神一魁在內的眾多賊寇首領，並成功招降了中鬥星等人，前後取得了很多剿匪成果。因此，張獻忠與延安賊寇首領李自成被迫撤退至盩鄠地區。

六月，陳奇瑜在漢中車廂峽包圍了李自成賊軍，適逢連續四十天大雨，雙方武器裝備受損，賊軍馬匹缺乏草料，死亡過半，李自成陷入極其困境，隻得自我捆綁請求投降。陳奇瑜接受了投降，並給予他們免死牌籍。七月七日辛卯，賊軍抵達鳳翔，聲稱持有督撫發布的檄文要求進城安置，鳳翔守城官員識破其詭計，拒絕開啟城門，要求隻能通過繩索吊上城樓，首批登上城樓的三十六人名賊寇被儘數斬殺。陳奇瑜借此為由，彈劾當地官員妨礙招撫大局。皇帝下令錦衣衛逮捕了寶雞知縣李嘉彥、鳳翔鄉紳孫鵬等五十多人，並將他們投入監獄。

李自成攻陷登城，圍攻合陽門，洪承疇率軍趕到解除了圍困，隨後賊軍轉向進攻平涼、邠州。八月，李自成攻陷鹹陽，殺害了知縣趙濟昌。官軍到達後，賊軍丟棄金銀財物引誘官軍，趁機向西撤離，屯駐在乾州。官府試圖招降，但賊軍不予理會。之後賊軍又攻占了隴州，每到一處迅速裹挾百姓，選拔精壯男子為賊軍前驅，吸收婦女老弱以必要時引誘抵擋官軍。因此諸多官員動不動就稱斬殺首級報捷的消息並未真正削弱賊軍的實力。