崇禎己卯年（公元1639年）三月，漕運巡撫的中軍將領劉良佐在光山縣取得了勝利，安廬巡道易開遠在舒城縣也取得了三次戰鬥的成功，賊軍逐漸向西撤退，張獻忠和曹操趁機逃入房縣和竹山縣的山區，這兩縣都屬於湖廣鄖陽府管轄。最初，張獻忠偽裝成官兵，偷襲南陽並在南關駐紮。恰好左良玉率軍抵達，對他產生了懷疑並召見，張獻忠感到危險，便逃脫。左良玉追趕上，兩馬相對時，左良玉射出的箭一支射中張獻忠的眉心，另一支則釘在了他手中的弓靶上。在混亂中，左良玉揮刀砍向張獻忠的臉，鮮血濺滿了鎧甲，幸好孫可望及時上前擋住，張獻忠才得以逃脫。他逃至麻城，左良玉繼續追擊，一晝夜行程達到七百裡，一直追到襄陽府的穀城縣。

戊寅年（公元1638年）正月初九夜晚，左良玉成功擊敗張獻忠。張獻忠被迫並向當地民眾宣布：其部隊的主要目標是匡扶亂世，已成功驅逐闖軍遠去，現打算解除武裝回歸朝廷。張獻忠聚集了當地德高望重的老人出具保證書，並派遣孫可望帶著一塊長約一尺多的碧玉以及兩顆直徑一寸的珍珠，賄賂熊文燦，請求投降。熊文燦同意接受投降，並指派僉事張大經監督張獻忠的軍隊。然而，熊文燦庸碌無能，駐紮在襄陽時，整日在後花園種菜，每日動用幾十人為其灌溉。當時正值乾旱，各地官府上書請求降雨，熊文燦批複說：“園中蔬菜長得旺盛，為什麼稻田卻獨自枯萎呢？恐怕這隻是農民逃避交納糧食的借口罷了。”他的管理能力由此可見一斑。

左良玉與巡按林銘球、巡道王瑞旃商議，計劃誘捕張獻忠。但熊文燦卻說：“殺害投降的士兵不吉利”，極力保護張獻忠，並將他的營地移到城內。張獻忠仗著熊文燦的袒護，愈發無所顧忌，私下訓練士兵，製造軍器。穀城縣的生員徐以顯與張獻忠一見如故，還教授他孫武和吳起的兵法，為張獻忠向朝廷請求官職和月餉，甚至請求在澠池、陝州、廬州、靈寶、閿鄉五州縣屯集馬步兵共計六千人。己卯年（公元1639年）春天，張獻忠叛變的跡象愈發明顯，左良玉請求討伐他，但熊文燦故意泄露了此事，讓張獻忠有所察覺，熊文燦還拖延左良玉出兵的時間。結果張獻忠趁機從容不迫地將所有的兵力和器械運入房山，熊文燦這才催促左良玉出兵，但此時張獻忠已經發動叛亂了。

當時，熊文燦招撫了十三家賊軍，這些賊軍如同蜜蜂聚集、螞蟻結巢般盤踞在中州地區，時而接受招撫，時而又叛亂。巡撫徐一範後來認為，可以徹底剿滅賊軍的機會以及能夠有效剿匪的物力資源，都在一味安撫的過程中被白白錯過，這樣的說法確實是有根據的。

五月的時候，張獻忠叛變，殺害了穀城縣令阮之鈿。阮之鈿在臨終之際，用自己的鮮血寫下了絕命詞。同時，羅汝才率領的九個營寨也積極響應張獻忠，張獻忠進而脅迫禦史林鳴球向朝廷遞交請求他在襄陽受封的奏章，林鳴球拒絕了他的要求，結果被張獻忠殺害。

到了七月，張獻忠和羅汝才兩股賊軍勢力在房縣彙合。秦良玉得知這個變故後表示：經略官員放任賊軍如同老虎盤踞險地，逼迫我不得不去迎戰，若我不去，肯定會因拖延不前而受到責罰。接到命令後，她即便是在炎熱的夏季也率兵進軍，但不幸遭遇伏擊而大敗而歸，連軍中的符印也丟失了。秦良玉向朝廷詳細陳述了這次戰敗的情況，朝廷因此罷免了熊文燦的職務，同時秦良玉也被降職，並要求她通過消滅賊軍來贖罪。

徐調元曾在戊寅年（公元1638年）擔任黃岡縣令，他曾經談到：“張獻忠在投降並接受招撫之後，熊文燦所上的關於如何處理張獻忠的奏疏被皇帝扣留下來，沒有作出批複。張獻忠的性格像一隻猿猴，無法長久忍受安寧，他在城外安營紮寨，並讓人把訓練用的器械堆疊起來，每天從下往上反複攀爬，一刻不停，仿佛在教猴子爬樹一樣，雖然這是他天性好動的表現，但也借此機會鍛煉自己，並用來訓練他的士兵。”當時，熊文燦的奏疏長時間沒有得到回複。張獻忠帶著十名親信將領快速進城，詢問縣令阮之鈿朝廷的決策如何。阮之鈿迎合張獻忠的心理，回答說：“將軍很快就要獲得重大的任命，而且會被封侯。”聽了這話，張獻忠就離開了，這樣的情況發生了多次。

一個月過去，熊文燦的奏疏依然沒有得到答複，張獻忠了解到自己的許多請求都沒有得到滿足，於是開始秘密策劃再次反叛。他又一次急速進城找到阮之鈿，像之前那樣質問他。阮之鈿驚慌失措，張獻忠察覺到他之前的回答並不真實，勃然大怒，斥責阮之鈿：“你是在欺騙我嗎？”他環顧四周，命令手下：“把他給我抓過來！”隨後下令將其斬首，發動了叛亂。宋代有人曾說，“在某些動蕩不安的時代，最快的升官之路莫過於平定叛亂或匪患，而他們獨特策略和奇思妙計往往體現在招撫、收編上。”這句話似乎是對熊文燦處理張獻忠一事的真實寫照。