鄭芝龍，號飛黃，福建漳州府漳鎮人，漳鎮離府城約六十裡，臨近海濱。他的父親叫鄭翔宇，祖父叫鄭壽寰，家中世代擔任府衙幕僚。鄭芝龍在家排行第四，他的三個哥哥也都在府衙任職。十八歲時，因為府衙職位空缺，鄭芝龍需要填補官差，已經定好了吉日準備上任。因其父親娶有多位妾室，其中生下第六子的母親與鄭芝龍產生了感情糾葛。有一次，這名女子為鄭芝龍理發時，鄭芝龍把手伸入她的裙腰親密互動，他的父親突然從後麵走出，鄭芝龍驚慌之中拉扯裙子，不小心扯斷了裙帶。父親親眼目睹這一情景，勃然大怒，手持棍棒憤怒地追逐鄭芝龍，鄭芝龍匆忙逃到一艘停泊在附近的飄洋船上。他的父親勃然大怒，厲聲斥責，並決定找出鄭芝龍殺了他。船隻馬上就要啟航，鄭芝龍沒有辦法回家，便懇求船上的大商人帶他去日本。鄭芝龍因其相貌出眾，善於交際，多為商人很喜愛他，於是便同意帶他同往。

抵達日本後，其他商人都忙於發貨、進貨，鄭芝龍則閒暇無事，每天與日本島嶼主人一同宴飲歌舞。在這個過程中，他與島上主人家的一位女子產生感情，這位女子就是後來國姓爺鄭成功的母親。鄭芝龍入贅為日本人家的女婿，帶他前來的商船回去了，他沒有回，並與該女子育有一子，即鄭成功。

過了一年後，當初搭載鄭芝龍的船隻再次來到日本，鄭芝龍隻身搭乘船隻回國，但在途中被海盜劫持。鄭芝龍隨身攜帶價值千金的貨物，他把貨物分給了主寨的海盜頭目，因此得到海盜們的信任。

海盜共有十個寨子，每個寨子都有一個頭目，過了一年，鄭芝龍所在的寨子頭目患病且病勢沉重，其他九個頭目為他舉行祭祀祈福，鄭芝龍淚求頭目在祭祀後舉辦宴會，並請求大家放他出去搶劫一次，無論收獲多少都依他天命。頭目答應了他的請求，其他眾人也都沒有意見。鄭芝龍成功劫掠四艘來自暹羅的船隻，每艘裝載的貨物價值約二十多萬兩，九個頭目信守承諾，將所有財物都給了鄭芝龍。鄭芝龍因此迅速積累起超過十個寨子的財富，在海上以富有而受到尊重，原來的寨主去世後，他也成為了十個頭目之一。

鄭芝龍得知家中發生變故後，便帶著巨額財富回到家鄉，購置了蘇杭的精美綢緞和兩京皇宮的珍寶古玩，從事琉球、朝鮮、真臘、占城、三佛齊等國的商貿活動，並且劫掠侵犯廣東、潮州、惠州、廣州、肇州、浙江、福建、台灣等地。這些事情發生在明朝天啟初年。

閩粵兩地巡撫為了解決鄭芝龍的海盜問題，派遣海道張浚、李芳枝等人先行駐紮海邊，大張旗鼓，集結王漢等軍隊準備圍剿。然而不到三天，兩海道官員就被鄭芝龍擒入海寨，兩巡撫懊悔不已，剿匪、招安政策又拿不定主意，不得不上報朝廷。鄭芝龍則每日在海上設宴款待兩位海道官員，恐嚇侮辱他們，但始終沒有對他們造成致命威脅。三個月後，朝廷下達主撫的旨意，並在漳州設立了參將府鎮守之位等待鄭芝龍歸順，鄭芝龍於是挾持這兩位海道官員登岸赴任新職。兩位巡撫因為可以推卸責任，就為鄭芝龍上報功勞，朝廷給予了不同級彆的官職和榮譽。鄭芝龍更是贈送了大量財物，收到財物的人無不高興。

海上九個寨子盜賊中為主的叫劉香。他效仿鄭芝龍，成為海邊的一大禍患。鄭芝龍則竭力對付劉香，逼得他幾乎走投無路。劉香非常恨鄭芝龍，探查到鄭芝龍在漳鎮的住處後，派遣手下將其住所團團圍住並抓獲鄭芝龍。鄭芝龍卻說，他受不了岸上貪官汙吏的束縛，正打算重回海盜隊伍。他詢問出船隻停泊地點後，先讓家人登船，又將家中所有財物搬上船。他說：“屋子裡有很多酒肉，何不儘情享用後離開呢？”於是鄭芝龍讓人準備酒菜，挑選最精致美味的食物讓海盜們享用，直到他們都吃得酒足飯飽，酩酊大醉，一個個力氣儘失，癱倒在地，甚至有的倚靠在牆壁上昏睡過去。這時突然鑼響響起，海盜們的頭顱紛紛落地。

隨後，鄭芝龍讓家丁穿上海盜們的衣服盔甲，駕駛劉香的船隻，站在船頭。劉香遠遠看見自家船上來，大喜過望，對著與鄭芝龍大喊：“來啦！”鄭芝龍也回答喊到：“來啦！”然後鄭芝龍突然躍上岸，趁劉香不備，舉刀便砍，一刀斬殺了劉香，其餘人見狀紛紛投降。從此，海上一片太平。鄭芝龍的旗號航行於各國之間，在浩渺的海洋中行駛，猶如內地一般方便。

巡撫等官員再次為鄭芝龍上報戰功，他因此升任漳潮兩府副總兵。後來在崇禎末年，鄭芝龍竭力謀求福建省總兵的職位，攜帶十萬兩銀子前往京城，各級官員雖然貪心銀兩，但膽子太小，不敢推薦。崇禎十七年（公元1644年）三月，這批銀子落入流賊手中。到了弘光朝，馬士英將鄭芝龍封為五等爵位靖海侯。到了隆武朝，鄭芝龍上奏說自己在日本有個兒子，隆武帝召其回國，並認作親子，賜予國姓。不久後，鄭芝龍歸順清朝（以上事跡由鄭芝龍家族的女婿翁吉爐所述）。

傳聞中還提到，鄭芝龍有個弟弟叫鄭芝虎，英勇無敵，但在征討劉香時戰死於海上。還有弟弟鄭鴻逵和鄭芝豹，鄭氏一門在東南地區聲威顯赫。